En el curso 2006-2007 el colegio San Martin entró a formar parte del proyecto Agenda 21 Escolar. Los temas tratados desde entonces han sido los siguientes:

Curso 2006-2007: El reciclaje de residuos.

Curso 2007-2008: El agua y los ríos

Curso 2008-2009: La energía y el cambio climático.

Curso 2009-2010: Cambio climático y movilidad

Curso 2010-2011: Consumo responsable

Curso 2011-2012: Alimentación y consumo sostenible

Curso 2012-2013: Biodiversidad

Curso 2013-2014: Los residuos

Curso2014-2015:Movilidad

Curso 2015-2016: Movilidad II.

Curso 2016-2017:El reciclaje de los residuos

Curso 2017-2018: El consumo responsable´

Curso 2018-2019: Alimentación sostenible

Curso 2019-2020: Cambio climático

Curso 2020-2021: Acción por el clima

Todos estos temas se trabajan en coordinación con otros centros de Vitoria- Gasteiz inmersos en el programa de Agenda 21 Escolar.